Ông nghỉ hưu khỏi Hải quân Hoa Kỳ với cấp bậc đại tá vào năm 1980. Sau đó, ông đã giành được bằng Thạc sĩ về Nghiên cứu Hoạt động và Phân tích Hệ thống và bằng Tiến sĩ Luật (tiếng Anh: Juris Doctor).

Vào tháng 4 năm 1981, ông được Tổng thống Hoa Kỳ Ronald Reagan bổ nhiệm vào chức vụ Phó Chủ tịch của tổ chức Peace Corps. Vào tháng 7 năm 1982, Tổng thống Reagan và Thượng viện Hoa Kỳ đề cử và xác nhận ông là Phó Quản trị viên của Cơ quan Đặc trách Cựu chiến binh (VA). Sau sáu năm làm việc tại VA, ông được Tổng thống Reagan bổ nhiệm vào năm 1988 vào Hội đồng Đại học Dịch vụ Quân đội về Khoa học Sức khỏe (USUHS) tại Bethesda, Maryland. Ông đã phục vụ trong Hội đồng này gần 21 năm, bao gồm việc hai lần giữ chức Chủ tịch Hội đồng.

Alvarez đã tham gia lực lượng đặc nhiệm của Nhà Trắng, với mục tiêu cải thiện việc cung cấp dịch vụ chăm sóc sức khỏe cho các cựu chiến binh quốc gia. Gần đây, ông đã đảm nhận vai trò Chủ tịch Ủy ban Nghiên cứu Cải tổ và Nâng cao Tài sản vốn của VA (CARES). Ngoài ra, ông cũng là thành viên của Hội đồng Giám sát độc lập tại Đại học Grantham.

Năm 2015, Alvarez và chị gái Delia Alvarez (Wikidata) ) đã cùng tham gia bộ phim tài liệu do Đài truyền hình công cộng (PBS) sản xuất, với sự thực hiện của nhà sản xuất Mylène Moreno, mang tựa đề On Two Fronts: Latinos & Vietnam.[9]

Alvarez là thành viên trọn đời của Hội đồng Fellows thuộc Đại học Santa Clara. Ông đã từng là thành viên Hội đồng quản trị của Đại học Cao học Quốc tế Dân chủ tại Washington, DC. Ngoài ra, ông còn tham gia Hội đồng Washington, DC của trường Đại học William & Mary. Ông là thành viên trong Ủy ban Cố vấn Hội đồng Năm Ngôi sao của Dự án Lịch sử Cựu chiến binh tại Thư viện Quốc hội. Năm 2004, ông đã thành lập công ty Alvarez LLC, chuyên cung cấp dịch vụ và sản phẩm công nghệ thông tin cho chính phủ Hoa Kỳ.[10] Vào tháng 3 năm 2014, Bộ trưởng Quốc phòng Hoa Kỳ Chuck Hagel đã chỉ định Alvarez vào Hội đồng Tư vấn Kỷ niệm Chiến tranh Việt Nam.